Prototype, to gra akcji. Gracz kieruje postacią Aleksa Mercera - tytułowego prototypu, obdarzonego przez genetyczne eksperymenty nadnaturalnymi zdolnościami. Zmiany poczynione w jego genomie doprowadziły do tego, że posiada on zadziwiającą zdolność transformacji własnego ciała. Dzięki temu może przyjmować wygląd napotkanych ludzi. Potrafi on również przejmować ich wspomnienia i umiejętności. W trakcie starcia bohater może w ten sposób zmodyfikować swoje ciało, by stało się potężną maszyną do zabijania. Wykształcenie ogromnych szponów czy przyjęcie postaci ogromnego monstrum nie stanowi dla niego problemu. Alex zmuszony jest skorzystać ze swoich zdolności, by odnaleźć swoją tożsamość (nie pamięta niczego, co działo się przed eksperymentami), a także zmierzyć się z licznymi organizacjami wchodzącymi w skład rozległego spisku. W tym celu przemierza Nowy York, wykonuje rozmaite zlecenia, czasem działając w ukryciu a czasem stając do otwartej walki. W takich momentach wykorzystuje swój rozległy arsenał ciosów, a jego ataki odznaczają się taką mocą, że nie tylko masakruje przeciwników, ale również dewastuje otoczenie. W grze istnieje możliwość rozgrywek dwuosobowych przy wykorzystaniu Internetu. Grafika programu jest trójwymiarowa.