Jednostka powstała 25 lutego 1945 roku na mocy rozkazu Naczelnego Dowództwa Wojska Polskiego. Pułk był odpowiedzialny za loty krajowe i zagraniczne najważniejszych osób w państwie (Prezydent RP, Prezes Rady Ministrów, Marszałek Sejmu Rzeczypospolitej Polskiej, Marszałek Senatu Rzeczypospolitej Polskiej, członków Rady Ministrów); dysponentem lotniczych środków transportu przeznaczonych do przewozu osób o statusie VIP była Kancelaria Prezesa Rady Ministrów. JW 2139 realizowała także transport powietrzny na rzecz MON i podległych mu jednostek organizacyjnych, np. dowództw rodzajów sił zbrojnych RP. Z samolotów i śmigłowców pułku wielokrotnie korzystały głowy innych państw, politycy z całego świata, znane osobistości kultury i sportu, ewakuowani z zagranicy obywatele RP i ratownicy wysyłani z pomocą za granicę. Miejscem bazowania jednostki był wojskowy port lotniczy Warszawa-Okęcie. Święto Pułku jest obchodzone 25 lutego. Jednostka podlegała Dowództwu Sił Powietrznych, wchodziła w skład Sił Powietrznych.

W 1996 roku planowano pozyskać osiem samolotów dla zastąpienia Jak-40 na wyposażeniu 36. Specjalnego Pułku Lotnictwa Transportowego. Przetarg na sześć samolotów dla 15 pasażerów rozpisała Agencja Mienia Wojskowego 19 grudnia 2006 roku, ale anulował go nowy minister 31 maja 2007 roku, ponieważ wymagania preferowały samolot Embraer 145. Po katastrofie Tu-154M 10 kwietnia 2010 na stanie 36 splt do transportu VIP pozostały cztery Jak-40 (wyprodukowane w 1979-1980), a drugi Tu-154M był w Rosji. 29 kwietnia 2010 zapowiedziano rozwiązanie 36. splt. Pułk rozwiązano 31 grudnia 2011 roku. W jego miejsce utworzono 1 Bazę Lotnictwa Transportowego.

• wymiary 10x10cm
• haft komputerowy