W 2011 roku nastąpiła zmiana podległości batalionu, dotychczasowo był on samodzielnym batalionem podległym dywizji, na skutek Decyzji MON nr Z-28/Org./P1 z dnia 10 marca 2011 roku oraz wykonawczego Rozkazu Dowódcy Wojsk Lądowych nr PF-16/Org. z dnia 14 kwietnia 2011 roku jednostkę podporządkowano Dowódcy 21. Brygady Strzelców Podhalańskich.

1 października 2011 na Skwerze Kościuszki w Tczewie mieszkańcy i władze Tczewa pożegnali żołnierzy 16 Tczewskiego Batalionu Saperów, którzy po 60 latach stacjonowania w garnizonie Tczew przedyslokuje się do Niska. Podczas uroczystości odsłonięto obelisk z płytą pamiątkową upamiętniającą 60 lat pobytu w garnizonie 16. bsap